پس از انتخاب خانم مریم رجوی به عنوان مسول اول سازمان مجاهدین خلق ایران در سال ۱۳۶۸، نقش مسعود رجوی در سازمان مجاهدین رهبر ایدئولوژیک مجاهدین است و دیگر هیچ مسئولیت اجرایی در سازمان مجاهدین ندارد.
پس از مسعود رجوی تاکنون ۹مسئول اول در سازمان مجاهدین انتخاب شده و همین الان خانم زهرا مریخی مسول اول سازمان مجاهدین است.
با توجه به نقش تاریخی و رهبری شایسته او در عبور سرفراز سازمان مجاهدین از ضربههای سختی چون جریان اپورتونیستی که تمامیت سازمان را تحت تاثیر قرار داده بود و پس از هماوردی با غول ارتجاع خمینی اکنون رهبر تاریخی و ایدئولوژیک سازمان مجاهدین و مسول شورای ملی مقاومت است.
شورای ملی مقاومت که از سال ۶۰پایه گذاری شد و اکنون ۳۹سال است که دیرپا ترین شورای ایرانی است.
مسول شورای ملی مقاومت میگوید: هیچ تعصبی روی شورای ملی مقاومت وجود ندارد.
هر زمان گروه یا آلترناتیوی پیدا شود که ظرفیت بالاتری برای سرنگونی جمهوری اسلامی و تضمین دموکراسی داشته باشد، حاضر است از آن برغم اختلاف عقیده دفاع و حمایت کند.
رجوی پس از جنگ عراق تا کنون که با اعضای سازمان و هوادارنش از طریق پیامهای صوتی در جلسات متعدد همراه بوده است.
اعضای سازمان مجاهدین به آلبانی منتقل شده اند، همچنان با اعضاء و هوادارانش در جلسات متعددی بصورت صوتی همراه بودهاست.
پس از حمله به اشرف و کشتار مجاهدین، استراتژی هزار اشرف و هزاز کانون شورشی، استراتژی ارتش آزادیبخش را برای رهروانش مشخص کرد و اینکه کانونهای شورشی در سراسر ایران فعالیتهای دلاورانه تبلیغی و هدایت قیام را برعهده دارند.
رهبر مجاهدین در طول قیام دیماه ۱۳۹۶ چندین پیام خطاب به قیام کنندگان و همچنین در سال ۸۸ ارسال کرد.